شهرستان قائن دارای ارتفاعی معادل 1372 متر از سطح دریاست . كوههای قائن از مرز افغانستان شروع میشود و دشت قائن را دور زده و از طبس میگذرد و به كویر مركزی ختم میشود. از مهمترین كوههای این منطقه كوه سیاه با 2857 متر ارتفاع در شمال غرب مرز آباد و شاهانكوه با 2823 متر ارتفاع در منطقه زیر كوه می باشد. كوهها و بر آمدگی های قائنات از دوران دوم و سوم زمین شناسی است و بدین مناسبت هنوز جوانند .شهرستان قائن روی خط زلزبه واقع شده است و بارها ویران شده .آب و هوای این منطقه نیمه بیابانی و دارای تابستان های گرم و خشك و زمستانهای سرد میباشد و اغلب محصولات این منطقه دیم است . كشاورزی آن بستگی به میزان بارندگی سالانه دارد. محصولات كشاورزی عمده این منطقه گندم ، جو ، سنجد ،پسته ، انگور ، گلابی ، گیلاس ،انار،زرشك ،گردو ،بادام ، انجیر و توت است.از نظر تولید زعفران قائن مقام اول در ایران و جهان را دارد.
