شیخ بهایی اقداماتی نظیر تقسیم آب رودخانه زاینده رود بین محلات اصفهان و قرای مجاور رودخانه ، طرح ریزی كاریز نجف آباد كه به قنات زرین كمر معروف است، تعیین سمت قبله مسجد شاه اصفهان ، ساختن گلخن گرمابه ای مرمو در اصفهان انجام داده است . در مشهد نیز دستوری در باب ساختن دیوار صحن قدیم حضرت رضا (ع) داده به این نحو كه در هر فصلی موقع ظهر آفتاب به بن دیوار می رسیده است.حجره های مدرسه مجاور صحن با نظر شیخ چنان بنا شده بود كه هر حجره روبروی ستاره ای واقع میشد. تمام زندگی این دانشمند عصر صفویه در تالیف ، تدریس ، سیاست ، قضاوت و سیرو سیاحت گذشت. در سفر سال 1008 ه.ق به مشهد كه با شاه عباس همراه بود در جوار صحن خانه ای خرید و پس از مرگ كه در سال 1030 ه.ق در اصفهان روی داد بر طبق وصیت وی به مشهد آورده شد و در همان خانه دفن گردید.
