مدرسه میرزا جعفر با تلاش شخصی به نام میرزا جعفر سروقدی از بازرگانان معروف خراسان ساخته شده است. این مدرسه صحن انقلاب حرم امام رضا علیه السلام در ضلع شمالی قرار دارد و قدمت آن به دوره صفویه بر می گردد. بعدها در سال 1285 شمسی این مدرسه توسط ظهیرالدوله والی خراسان مرمت شد. مدرسه میرزا جعفر از بهترین مدارس علوم دینی مشهد بود که هم اکنون هم در آن مشغول به تحصیل هستند. معماری مدرسه و گچبری های زیبا همچنین کتابخانه زیبا عامل برجستگی آن محسوب می شوند.
