مسجد شیخ لطف اللهدر قسمت شرق میدان امام (نقش جهان)و دقیقا روبروی عمارتعالی قاپو قرار دارد و کاشیکاری آن خاص و حوض وسط میدان نقش جهان حایل بین دو بنا و منعکس کننده نقوش این دو بناست .ارادت خاص شاه عباس اول به روحانی شیعه، شیخ لطف الهجبل عاملی که از لبنان به ایران و به شهر اصفهان کوچ نموده بود باعث شد تادستور دهند مسجدی خاص ایشان دقیقا روبروی کاخعالی قاپو بسازندو با اهل بیت خود در آنجا ساکن و در مدرسه ی مجاورمسجدشیخ(که اکنون اثری از آن بجا نمانده )مشغول تدریس باشند. شاید به همین دلیل است که جهانگردان اروپائی عصر صفوی که هربنائی را باکنجکاوی وموشکافی بازدید کرده اند،اما کمتر از مسجد شیخ لطف اله مطلب نوشته اند وفقط "پیترودولاواله" به توصیف آن پرداخته است.
ازعوامل عجیب مسجد شیخ لطف اله نسبت به بنا های مشابه ، عدم وجود صحن ومناره درمسجد است که باعث شده تا رواقی پوشیده از کاشیکاریهای زیبا و استادانه وپرکار ،فضای مسجد را به گنبد مربوط کند.از خصوصیات دیگر مسجد شیخ لطف اله آن است که راهی زیر زمینی برای ملاقات شاه با شخص شیخ لطف اله و بالعکس بین کاخ عالی قاپو و مسجد وجود داشته که الان به دلایل نامعلوم مسدود میباشد.
